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辽宁省生物大分子计算模拟工程中心
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当前目标

计算机辅助药物和蛋白质设计

计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design,CADD)是利用计算化学基本原理,通过模拟药物与受体生物大分子的相互作用或通过分析已知药物结构与活性内在关系,合理设计新型结构先导化合物的药物设计方法。本实验室

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基于分子模拟的蛋白质相互作用研究

蛋白质之间通过复杂多样的蛋白质-蛋白质相互作用界面而发生作用,有着复杂的物理化学性质和结构特征。利用蛋白质复合物结构来研究蛋白质复合物结构和功能之间的联系,一方面可以让我们了解构成生命的基本单元是如何工作

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以药物分子为重点的生物大分子的三维结构及修饰的计算与模拟研究

利用分子计算模拟的各种技术研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-化学药物,以及蛋白质与其他诸如糖类、脂类的生物大分子之间的相互作用,从而了解细胞内部信号的传递,理解对生命过程、疾病过程、药物治疗过程的作用机制

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生物大分子数据库及信息处理研究

中心已建成自己的专业网站(http://ccsipb.lnu.edu.cn/),开发了禽流感病毒NS1蛋白二级数据库(http://ccsipb.lnu.edu.cn/ns1)、禽流感病毒NS1蛋白三维结构二级数据库(http://ccsipb.lnu.edu.cn/ns1/pdb)、细菌标准菌株核糖体16S rRNA序列二级数据库(http://ccsipb.lnu.edu.cn/16sdb)、标准16S rRNA进化树构建工具(http://ccsipb.lnu.edu.cn/16stree)、种系特异性引物设计工具

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以现代生物技术为研究手段开展的药物靶点的发现和分子机制的研究

药物的分子模拟与设计的前提是有理想的药物靶点。本工程实验室建成后的主要研究方向之一即以现代生物技术为研究手段开展药物靶点的发现和分子机制研究,寻找药物分子设计的理想靶点。

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药物分子的生物验证和天然产物研究

将基于计算机模拟与设计的药物分子采用生物学实验进行验证,主要以细胞和小鼠为实验对象开展药效学、药理学、毒理学、药物动力学等验证实验,筛选、验证所设计的药物分子的合理性,开展先导化合物的系列研究。

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人或动物重大疾病的发病机理及防治研究

采用蛋白质分子对接、分子动力学模拟、虚拟丙氨酸扫描、结合自由能计算等蛋白质计算模拟方法对具有重要生理功能、重要医学价值以及重要科学意义的蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-核酸相互作用以及蛋白质与其他生物大分子

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重要生物酶的开发研究

通过计算机模拟酶的分子动力学和结构,建立起酶改性研究方法,如在纳豆激酶的研究过程中,通过利用蛋白质结构预测、分子动力学模拟、自由能计算等技术筛选出热稳定性显著增强的纳豆激酶突变体。通过对DNA序列计算、比对分析

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