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辽宁省生物大分子计算模拟工程中心
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公共服务


高性能计算

中心目前已开放DELL服务器集群,可开展相关生物大分子计算模拟与信息处理服务。


生物实验服务

开放部分Biolog自动微生物鉴定系统、蛋白质纯化工作站等大型生物仪器,可开展相关生物实验服务。


数据分析

面向社会可提供与生物大分子相关的二级数据库的建设、以药物靶点为研究对象的计算机药物筛选、生物大分子三维立体结构的模拟、微生物酶的分析检测、微生物的分类鉴定、蛋白质纯化等服务。 如我们建立的禽流感NS1蛋白质二级数据库(http://ccsipb.lnu.edu.cn/ns1) 禽流感病毒NS1蛋白三维结构二级数据库(http://ccsipb.lnu.edu.cn/ns1/pdb)、 细菌标准菌株核糖体16S rRNA序列二级数据库(http://ccsipb.lnu.edu.cn/16sdb)、 标准16S rRNA进化树构建工具(http://ccsipb.lnu.edu.cn/16stree)、 种系特异性引物设计工具LSPrimer(http://ccsipb.lnu.edu.cn/primer)。


禽流感病毒NS1蛋白质二级数据库,涵盖了禽流感病毒NS1蛋白的所有序列信息,方便用户迅速获得自己所需的禽流感病毒株NS1蛋白的数据资料,并对其进行生物信息学研究;


禽流感病毒NS1蛋白三维结构二级数据库,收集了文献中测定了的A型流感病毒三维结构数据,为用户提供各结构的测定方法、分辨率、氨基酸序列、来源菌株、参考文献等信息,并提供在线三维结构可视化服务,用户可以直接在数据库网站观察分析NS1蛋白的三维结构特征;


细菌标准菌株核糖体16S rRNA序列二级数据库,采用人工收集、逐个检验的方法采集了DSMZ确定的细菌列表中的所有细菌标准菌株的16S rRNA基因序列,用户可以直接获得全面的细菌标准菌株的16S rRNA基因序列;


标准16S rRNA进化树构建工具,为细菌系统发育的研究提供了完善可靠的基础分析工具,用户无需进行系统发育分析前期的大量如通过BLAST收集序列数据,通过Clustal多序列比对,进行多种进化树制作,检验进化树的可靠性,我们的系统可以一步完成所有的步骤并生成多种格式的图片结果;


种系特异性引物设计工具LSPrimer,可使用两类近缘物种同一基因的多条序列(例如16S rDNA序列,线粒体DNA),快速设计出对目标种系具有高度特异性且敏感性高的PCR引物,降低了种系特异性PCR引物设计的难度。这些数据库和工具都已通过网络的形式公开,为从事流感病毒学研究的科研人员提供便利的数据搜索源,同时我们提供相应标准计算软件、在线序列比对及相似性分析等计算工具。


这些数据库的建设为深入开展相关研究课题奠定良好前期基础。 中心可通过Biolog自动微生物鉴定系统和16S rRNA系统进化树分析提供微生物的分离、纯化、分类、鉴定等服务。 同时,中心正积极准备建立与企业联合的开放实验室。


药物分子的致癌性、致突变性和肝毒性预测工具开发

化合物的致癌性作为一种严重的毒性效应,已经成为药物开发过程中的重要问题。我们开发了新的基于集成学习方法的化合物致癌性预测工具,该工具可以依据化合物的二维结构通过机器学习系统预测该化合物是否具有致癌性,其总体准确率为70.1%,该模型优于目前文献中报道的致癌性预测模型。目前我们已经将该模型开发为可以通过网络访问的web服务,供相关研究人员使用。网址为:http://ccsipb.lnu.edu.cn/toxicity/CarcinoPred-EL。目前本服务器已为研究人员提供了5万多个化合物的致癌性预测服务。 同时本项目还研究了化合物的致突变性和肝毒性的预测方法,并取得了较好的结果,也开发了相关预测网站,分别为http://ccsipb.lnu.edu.cn/toxicity/MutagenPred-EL/和http://ccsipb.lnu.edu.cn/toxicity/LiverToxPred-EL/


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